Il est très probable que la cité de Vesuntio fut atteinte par la prédication chrétienne à la fin du IIe siècle, au temps de saint Irénée de Lyon et que, dès à la fin du IIIe siècle, elle eut son évêque, bientôt reconnu comme métropolitain de la grande province de Séquanie.

Vers 370 eut lieu, près de Besançon, la découverte des corps que l'on reconnut pour ceux des martyrs, disciples de saint Irénée, les saints Ferréol et Ferjeux. Leur culte fut toujours cher aux bisontins, à côté de celui de saint Etienne, premier patron de l'Eglise épiscopale.

Désorganisé pendant un temps, le diocèse reprend vie au début du VIIe siècle; c'est l'époque où, de Luxeuil, rayonne l'influence de saint Colomban dont un disciple, saint Donat, devient évêque de Besançon.


Aux temps carolingiens, les archevêques sont de grands personnages, mais les comtes disposent pratiquement du siège archiépiscopal. La restauration religieuse sera prise en mains par Hugues Ier de Salins (1031-1066) et continuée par ses successeurs, malgré la querelle des Investitures.



Le diocèse donne alors à l'Église un grand pape, Calixte II (1119-1124), originaire de Quingey. Les abbayes nouvelles, surtout cisterciennes, se multiplient : elles seront les principaux foyers de résistance au schisme de Frédéric Barberousse; saint Pierre de Tarentaise, défenseur de l'orthodoxie, mourra à Bellevaux en 1174, et le pape Eugène III, cistercien également, viendra en 1148 consacrer la cathédrale reconstruite sous le titre de saint Jean l'Évangéliste.





Du XIIIe au XVIe siècle, les institutions se dégradent, mais, au temps de la Réforme protestante, la politique des souverains et du Parlement aide au maintien de la foi traditionnelle. C'est surtout l'épiscopat d'Antoine-Pierre Ier de Grammont qui fut la grande époque de rénovation : établissement du grand séminaire, de la Mission diocésaine, du nouvel hôpital Saint-Jacques de Besançon.

Le diocèse fut peu touché par les querelles religieuses des XVIIe et XVIIIe siècles. L'attitude de l'ensemble du clergé et des fidèles durant la Révolution, spécialement celle des 19 prêtres morts pour la foi, témoigne de la qualité de leur vie religieuse.

Le Concordat de 1801 entraîne la nomination de l'ancien constitutionnel Claude Lecoz au siège épiscopal de Besançon. Épiscopat difficile, qui compte cependant à côté de celui du cardinal Mathieu (1834-1875), sénateur d'Empire et grand administrateur.






La première partie du siècle voit le rétablissement du grand séminaire à Besançon et de la Mission à École, ainsi que la fondation de plusieurs congrégations religieuses féminines : Les Soeurs de la Charité (de sainte Jeanne-Antide Thouret), les Soeurs de la Sainte-Famille (Besançon), de la Compassion de Marie (Villersexel), du saint Nom de Jésus et de Marie (La Marne).

Les oppositions sont très vives plus tard, sous la Troisième République, entre catholiques et radicaux. La pratique religieuse est en baisse dans de nombreuses régions de plaine. L'apaisement et une remontée s'amorcent après la première guerre mondiale. Le cardinal Binet centre tout son effort sur les vocations sacerdotales, tandis que naissent les premiers mouvements d'action catholique.

Le diocèse prend un nouveau visage du fait de l'industrialisation et de l'urbanisation.Cette nouvelle réalité conduira, après une enquête sociologique réalisée sous la direction du chanoine Boulard pendant les années du concile Vatican II, et après une mûre réflexion du conseil presbytéral, à la partition du territoire diocésain, pour donner lieu à la création en 1979 du diocèse de Belfort-Montbéliard.




Territoire diocésain :

Primitivement plus étendu au sud et à l'est, le diocèse de Besançon coïncida pratiquement durant tout l'Ancien Régime avec le Comté de Bourgogne ou Franche-Comté (y compris Montbéliard).

Le concordat de 1801 attribua à l'archidiocèse les départements du Doubs, de la Haute-Saône et du Jura. Celui-ci en fut détaché lors du rétablissement en 1823 de l'évêché de Saint-Claude.

A la suite de la guerre franco-allemande de 1870, le Territoire de Belfort, resté français et détaché de l'évêché de Strasbourg, fut intégré à l'archidiocèse de Besançon. Celui-ci comprit alors les trois départements du Doubs, de la Haute-Saône et du Territoire de Belfort.

Par la "bulle" du 3 novembre 1979, le Territoire de Belfort, le "Pays" de Montbéliard et le canton d'Héricourt (Haute-Saône) furent détachés du diocèse de Besançon et constituèrent un nouveau diocèse autonome, celui de Belfort-Montbéliard.